La Institución Educativa Secundaria Comercial N° 45 “Emilio Romero Padilla” ha sido creado por ley N° 14148 aprobado por la cámara de diputados y senadores a iniciativa del Dr. Roger Cáceres Velásquez diputado por Puno, a partir del año 1961, posteriormente se emite la Resolución Ministerial N° 12046 de fecha 20 de Junio de 1962, dando origen una nueva Institución Educativa, con el nombre de Instituto Nacional de Educación Comercial; de acuerdo a la nueva estructura del sistema educativo y la ley de educación hoy se denomina INSTITUCIÓN EDUCATIVA SECUNDARIA COMERCIAL Nro. 45 "EMILIO ROMERO PADILLA", dando sus primeros pasos al servicio de la educación en el local del Glorioso Colegio Nacional San Carlos, posteriormente en la casa del maestro para luego ser ubicada en el local de la escuela Miraflores ubicado en el Jr. Pardo, de donde gracias a la iniciativa del personal directivo, maestros, padres de familia y estudiantes en el año de 1972, se traslada al local del Jr. Huancané denominada Casa Salesiana la misma que por R.D. N° 0597 del 13 de junio de 1978 se adjudica el citado inmueble, siendo director de la sétima Región de Educación el señor Carlos Gutierrez Pardo; año en el cual se inicia la construcción de su actual local, quedando en la memoria de la comunidad educativa el recuerdo del local que albergó por ocho años a los estudiantes con la denominación de Casa Salesiana. Hoy contamos con un moderno local ubicado en el Jr. Huancané Nº154 ciudad de Puno.
En el transcurso del tiempo diversas personalidades han conducido acertadamente la DIrección de la Institución entre ellos tenemos al:
Dr. Carlos Echegaray Linares.
Prof. Marcos Puma Ortiz.
CPC Lucio Blanco  Loza.
Prof. Fritz Boza Echegaray.
Prof.  Cesaria Luna  Olbea de Flores.
Prof. Jesús Pinazo  Ponce.
Prof. Juan Galindo Paredes.
Prof. Pascual Miranda Cáceres (e)
Prof. Rolando Gómez Ordinola ( Director actual)
Prof. María Rosalía Neira Castro (Directora Actual (e))